波士顿,2018年3月21日 – 皮斯托亚联盟是一家生命科学公司,供应商,出版商和学术团体的全球联盟,Scilligence公司很高兴宣布发布HELM网页编辑器的这一新扩展功能。 新的功能使编辑能够支持具有某种结构不确定性或模糊性的生物分子的表示,并且还增加了单体和规则管理者。

复杂和独特的生物分子的疗用已经在药物发明和研发中变得普遍。 因此,科学家们一直在努力在信息系统中代表这些实体,迫使他们使用各种“选择和混合”方法,包括多个命名法和文本描述。 HELM,一种开放的生物分子代表性标准,通过提供了一种表示各种类型的复杂大分子(例如核苷酸,蛋白质,抗体和抗体 – 药物缀合物)的方法的手段解决了这个问题,包括含有非天然氨基酸或核苷酸/核苷的那些。

皮斯托亚联盟将最初由辉瑞公司的科学家在2013年初开发的HELM符号正式化为开放标准。相关的工具包和编辑器后来被公开发布给开源社区。 自发布以来,HELM已被各种组织广泛采用,如Bristol Myers Squibb,Pfizer,Novartis,Roche,GSK,Ionis,Merck and Co,Scilligence,NextMove Software,DassaultSystèmesBIOVIA,ChemAxon,Perkin-Elmer,quattro研究, EMBL-EBI,NCBI(PubChem)和RDKit。

虽然最初的HELM解决了代表非自然复杂生物分子的问题,但它保留了一个基本的假设,即科学家会知道所代表的结构的一切。 然而,在生物学中,情况并非总是如此,因为在这些结构中可能存在各种类型的模糊或不确定性。 典型的例子是当不能确定抗体 – 药物偶联物的精确缀合位点时。 这给科学家们留下了一个艰难的选择:要么记录对结构的最佳猜测,要么简单地以文本形式而不是结构性地描述结构,从而在他们的公司结构登记中创造差距。 对网络编辑器的这一更新使科学家能够在其结构表示中加入一系列模糊形式的系统描述,从而允许严格的结构表示,即使存在不确定性。

“HELM Web编辑器已经帮助研究人员以技术友好的方式严格代表复杂的大分子。 然而,在处理结构不确定性或模糊性的现实世界情景时,仍然存在差距。 通过与Scilligence的合作,我们实施了HELM 2.0中的增强功能,并进一步扩展了开源工具的功能和适用性,“辉瑞研究业务技术总监,Pistoia联盟HELM计划的领导负责人Sergio Rotstein说。

关于 Pistoia Alliance

Pistoia Alliance是一个全球性的非盈利性成员组织,由生命科学公司、技术和服务提供商、出版商和学术团体组成,致力于减少生命科学和医疗保健研发创新的障碍。 它于2007年被提出,并于2009年由阿斯利康,GSK,诺华和辉瑞的代表在意大利皮斯托亚举行的会议上成立。 其项目通过竞争前协作转变研发。 它通过确定根本原因,制定标准和最佳实践,共享竞争前数据和知识以及实施技术试点来克服常见的研发障碍。目前有超过80家会员公司; 成员通过Pistoia Alliance经过验证的开放式创新框架,为全球生命科学研发社区创造重要价值的项目进行合作。
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关于 Scilligence
Sciligence是基于网络的化学信息学和生物信息学解决方案的领先创新者,专为任何设备、浏览器和平台而设计。 Scilligence的工具增强了研究人员在发现和开发小分子和生物疗法方面的知识共享力和生产力。http://www.scilligence.com

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