HELM是什么?


我们最近一直在谈论HELM(大分子的分层编辑语言)。您可能已经听说过Scilligence与Pistoia Alliance的合作伙伴关系以及HELM功能在Scillgence的JSDraw,TouchMol4Office(包括Word,Excel,PowerPoint,OneNote,MedChem Suite),ELN,RegMol,Inventory和PMF中的运用。 在我们准备正式发布开源HELM编辑器的同时,我们想告诉您HELM是什么以及为什么您应该对使用这些新功能感到兴奋。


 

HELM的历史

2008年,辉瑞公司需要一种描述复杂分子的方法,于是辉瑞公司创建了HELM算法并将其第一个核苷酸单体和寡核苷酸治疗单元注册到辉瑞公司的数据库中。 HELM的诞生是为了让科学家能够对生物分子进行编码和创建单一符号。HELM支持用户编辑ADC、抗体、蛋白质、肽和核苷酸的结构。

同时,包括辉瑞在内的多家生命科学公司的研究人员联合创建了Pistoia Alliance,这是一个非营利性联盟,其目标是解决生命科学研发中存在的不一致问题,并加快该领域的创新之路。

作为向社区提供创新研发技术的使命的一部分,Pistoia Alliance决定让Pfizer的HELM完全免费向公众开放。 HELM之前已经被开发用于辉瑞内部使用,因此需要开发一个开源的HELM编辑器。 Pistoia对Scilligence的技术印象深刻,于是选择了Scilligence来开发新的网络编辑器,该编辑器将在未来几个月内发布。

HELM如何工作?

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Pistoia Alliance的图片描绘了单体图(顶部)和HELM表示法(底部)中的复杂寡核苷酸肽缀合物、氨基酸、RNA和其他化学结构。

HELM使用层次级别来编码结构。单体被赋予唯一的标识符,这些标识符串在一起以创建序列。这些序列可以连接并包含多种序列类型。ID以小分子符号链接到完整描述。

为什么HELM很重要?

在HELM之前,科学家无法描绘出复杂的生物分子。 HELM创建了一个用于展示,标准,交换和操纵复杂的分子实体,从而改善了数据存储和转移以及研究中的知识共享。

换和操纵复杂的分子实体,从而改善了数据存储和转移以及研究中的知识共享。

有关HELM的更多详细信息:openhelm.org


HELM如何工作的详细信息

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